San Giovanni al Natisone és un municipi italià, dins de la província d'Udine. L'any 2007 tenia 6.038 habitants. Limita amb els municipis de Chiopris-Viscone, Cormons (GO), Corno di Rosazzo, Manzano i Trivignano Udinese. Comprèn les fraccions de Bolzano (Bolzan), Dolegnano, Medeuzza (Midiuze) i Villanova del Judrio.